Le SKA-Khabarovsk-M est une équipe de football russe basée à Khabarovsk. Fondée en 1999, elle évolue actuellement dans le championnat russe de football de troisième division, le FNL 2.

Le SKA-Khabarovsk-M est l'équipe réserve du SKA-Khabarovsk, qui évolue en première division russe. L'équipe joue ses matchs à domicile au stade Lénine de Khabarovsk.

Le SKA-Khabarovsk-M a remporté le championnat russe de troisième division en 2001. L'équipe a également participé à la Coupe de Russie à plusieurs reprises, atteignant les quarts de finale en 2002.

Parmi les joueurs notables qui ont joué pour le SKA-Khabarovsk-M figurent Denis Glushakov, Roman Pavlyuchenko et Aleksandr Kerzhakov.